Fra 2013 er der ingen klar klassificering af genetisk modificerede fødevarer, og forskellige klassifikationer kan foretages efter forskellige standarder i henhold til praksis.
I henhold til om den genetisk modificerede mad indeholder genetisk modificeret kilde som standard, kan den opdeles i følgende tre forskellige typer:
(1) Genetisk modificerede fødevarer, der ikke indeholder genetisk modificerede fødevarer, henviser til fødevarer, der stammer fra genetisk modificerede organismer, men selve produkterne indeholder ikke nogen overførte gener.
(2) Genmodificerede fødevarer indeholder genetisk modificerede ingredienser, men deres egenskaber er blevet ændret under forarbejdning, og de overførte aktive gener findes ikke længere i genetisk modificerede fødevarer.
(3) Genetisk modificerede fødevarer indeholder aktive genetiske komponenter. Når folk har spist sådanne genetisk modificerede organismer eller mad, vil de overførte gener og organismernes iboende gener påvirke menneskekroppen.