De, der er imod genetisk modificerede fødevarer, involverer en lang række interessegrupper, fra Greenpeace til landbrugssammenslutninger til kristne kirker osv. Deres modstand er koncentreret på tre områder:
For det første er genetisk modifikation imod naturen og derfor skadelig. Tilhængerne svarede, at nutidens afgrøder ikke længere er primitive sorter, ellers bør de grøntsager, som folk spiser, være de samme som det græs, som dyr spiser.
For det andet, efter gener med herbicidresistens eller giftige skadedyrsbekæmpelsesfunktioner introduceres i planter, er den mad, de giver, sikker for mennesker? Som svar på dette understregede tilhængerne, at ingen kvalificerede forskningsinstitutioner indtil nu har fundet bevis for, at genetisk modificerede fødevarer skader menneskers sundhed, men deres langsigtede virkning kan kun udledes, og det er vanskeligt at få omfattende beviser for at overbevise mennesker.
For det tredje, er det muligt, at fremme af genetisk modificerede planter i hast påvirker landbruget og det økologiske miljø? Fremme af genetisk modificerede afgrøder, der er resistente over for herbicider, kan tilskynde landbrugerne til at overforbruge herbicider og derved skade eller endog uddø visse ikke-hovedafgrøder. Mange landmænd i udviklingslandene har brugt sådanne ikke-vigtigste afgrøder som supplerende fødevarer eller som foder. Den amerikanske Fiskeri og Wildlife Administration har opdaget, at 74 plantearter er truet af virkningerne af herbicider.