Patogen er en kollektiv betegnelse for mikroorganismer og parasitter, der kan forårsage sygdom. Mikroorganismer tegner sig for langt de fleste, herunder vira, klamydia, rickettsia, mycoplasma, bakterier, spirochetes og svampe; parasitter omfatter hovedsageligt protozoer og orme. Patogener er parasitære organismer, og de naturlige værter parasiterede er dyr, planter og mennesker. Der er mere end 400 slags mikroorganismer, der kan inficere mennesker, og de er bredt til stede i menneskets mund, næse, svælg, fordøjelseskanalen, urogenital tarmkanalen og huden.
Alle kan være smittet med mere end 150 slags patogener i deres liv. Under forudsætning af normal menneskelig immunforsvar vil de ikke forårsage sygdom, og nogle er endda gavnlige for menneskekroppen. For eksempel kan tarmfloraen (E. coli osv.) syntetisere flere vitaminer. Eksistensen af disse flora kan også hæmme reproduktionen af nogle mere patogene bakterier, så disse mikroorganismer kaldes normal mikrobiota (normal flora). Men når kroppens immunitet reduceres, er balancen mellem mennesker og mikroorganismer Når den ødelægges, kan den normale flora også forårsage sygdomme, så de kaldes også betingede patogener (betingede patogener). Om kroppen angribes af et patogen eller ej, er på den ene side relateret til sin egen immunitet, på den anden side afhænger det også af patogenets patogenitet og antallet af invasioner. Generelt, jo større antal, jo større er muligheden for sygdom. Især patogener med svagere patogenitet kræver en større mængde for at forårsage sygdom. Et par mikroorganismer er ret patogene og kan forårsage sygdom med lysinfektioner, såsom pest, kopper og rabies.