Flodheste parrer sig i vand, og der er ingen fast ynglesæson. Drægtighedsperioden for kvinder er 210-255 dage. De føder i vand og føder 1 kuld pr. Kuld. Nyfødte unger vejer 40-50 kg og kan gå og dykke 5 minutter efter fødslen. Flodhesten mor med en baby har et meget glubsk temperament. Når babydyret er født, vil det kvindelige dyr tage sig af det omhyggeligt, amme i vandet og kun lade dem bevæge sig inden for det synlige område og tålmodigt lære dem at dykke og rulle. Beskytte dem mod skade. I de næste par måneder tog det kvindelige dyr ofte sine unger til at leve væk fra gruppen, fordi ungerne kan blive dræbt af de glubske mænd eller angrebet af krokodiller. Efter 4-6 måneder vil ungerne være i stand til at spise græs. Amningsperioden er omkring 1 år. Afkommets hæveperiode, som en kvinde normalt bærer alene, kan forlænges til 18 måneder. Kvinder modnes mellem 7-9 år, mænd er mellem 9-11 år gamle, og deres levetid er omkring 30-40 år.
Kvindelige flodheste lever normalt alene med en baby flodhest i to måneder og nyder familiens lykke i fred. Moderen og sønnen ligger ofte ned og hviler stille, og den lille flodhest putter sig tæt på moderens mund. Nogle gange ønsker moderen at tage det i vandet igen, fordi flodhesten ikke kan slippe af med problemet med, hvordan man stabiliserer sin kropstemperatur. Efter at have boet på banken i lang tid, skal den gå i vandet for at køle ned. På dette tidspunkt vil baby flodhesten dygtigt klatre op på moderens ryg eller nakke og komme ind . Baby flodhesten skal stadig fodre konstant. Den kvindelige flodhest ligger på ryggen og strækker sig ud et bagben, og hendes bryst er udsat. Når den lille flod fodrer, vil den kvindelige flodhest bruge det andet bagben til at støtte hendes bryst. Massage på jorden for at stimulere mælk. Myg vil flyve fra tid til anden. Disse fyre kan lide den omstrejfende mælk og nogle gange hviler omkring brystvorten. Så den kvindelige flodhest slår floden med sin store mund for at skræmme myggene væk, der flyver rundt. Babyhesten kan gå i land alene, og den kvindelige flodhest ødelægger den ikke længere og lader den dykke af sig selv. Baby flodhesten vil uundgåeligt falde, når klatring i land. Den kvindelige flodhest bruger sin mund til at støtte hende og opmuntre hende til at stå op. Den kvindelige flodhest tolererer heller ikke baby flodhestens frække spil og vil blokere det med en stor krop eller blot bruge sin store mund til at "lære" det.