Fluorescensmikroskop og almindeligt mikroskop har følgende forskelle
1. Belysningsmetoden er normalt epi-belysning, dvs. lyskilden projiceres på prøven gennem objektivlinsen;
2. Lyskilden er ultraviolet lys, bølgelængden er kortere, og opløsningen er højere end almindelige mikroskoper;
3. Der er to specielle filtre. Den ene foran lyskilden bruges til at filtrere synligt lys ud, og den mellem okularet og objektivlinsen bruges til at filtrere ultraviolette stråler ud for at beskytte menneskers øjne.