Proteomics fokuserer på den dynamiske beskrivelse af genregulering, kvantitativ bestemmelse af proteinniveauer af genekspression, identifikation af sygdommes og lægemidlers virkninger på livsprocesser og forklaring af mekanismen for genudtryksregulering. Som videnskab er proteomics forskning ikke fra nul I første omgang er det en udvidelse af proteinprofilen (peptid) og genproduktkortlægningsteknologi, der har været brugt i mere end 20 år. Peptidkortlægning er afhængig af todimensionel gelelektroforese (2-DE) og yderligere billedanalyse; og gen Produktprofilen afhænger af en række analyser efter separation, såsom massespektrometri, aminosyresammensætningsanalyse osv.
På grund af eksistensen af variabel redigering og RNA-redigering kan mange gener udtrykke en række forskellige proteiner. Derfor er proteomets kompleksitet meget højere end genomets kompleksitet.
Hvis hele genomsekvensen af en art er blevet dechifreret, betyder det ikke, at proteomet af denne art også er blevet dechifreret. Den specifikke analyse af et gens proteinprodukt bør bestemmes ved omfattende ændring og regulering af genomniveau, transskriberingsniveau og oversættelsesniveau.