Højtydende væskekromatografi (HPLC)

Selvom todimensionel gelelektroforese (2-DE) er en almindeligt anvendt metode til analyse af hele proteomet, har den begrænsninger såsom begrænset adskillelsesevne, diskriminerende virkning og komplicerede driftsprocedurer. Det er ofte vanskeligt at opnå tilfredsstillende resultater til analyse af store dynamiske områder, lav overflod og hydrofobe proteiner. Chong et al. brugte HPLC/massespektrometri til at sammenligne og analysere differentialudtrykket af præ-ondartede og kræftproteiner. Proteinet blev adskilt af HPLC, og de indsamlede fraktioner blev identificeret af MALDI-TOF-MS, således at proteinet blev kvantitativt analyseret i differentialudtrykket af de to slags celler. Som en ny type separationsteknologi har flerdimensional væskekromatografi ikke begrænsningen af relativ molekylær masse og isoelektrisk punkt. Gennem kombinationen af forskellige tilstande eliminerer det den diskriminerende virkning af todimensionel gelelektroforese. Det har kendetegnene ved høj topkapacitet og nem automatisering. To-dimensionel ionudveksling-omvendt fase kromatografi (2D-IEC-RPLC) er den mest almindeligt anvendte multi-dimensionelle flydende kromatografi adskillelse system i proteomics forskning.