Gener med særlige funktioner "flyder" til lignende vilde plantestammer, hvilket gør dem resistente over for herbicider og vanskelige at kontrollere; eller forårsager skadedyr til at producere antistoffer mod insekticider. Derudover kan nogle små skabninger uddø efter at have spist genetisk modificerede planter med insekticide funktioner. Tilhængerne påpegede, at landbrugsproduktionen i sig selv er en aktivitet, der skader miljøet, og genetisk modificerede afgrøder vil ikke forårsage mere skade på miljøet end traditionelt landbrug. Planter har evnen til at modstå insekter, og landmænd kan reducere sprøjtning af insekticider, hvilket er gavnligt for miljøet og biologisk beskyttelse.
Sådanne tvister er ikke lette at drage konklusioner på kort tid. Kontroversen om genetisk modificerede afgrøder skal siges at være et normalt fænomen. Først og fremmest er de nyudviklede sorter i sig selv ikke perfekte, og deres mellem- til langsigtede virkninger på menneskekroppen og miljøet er endnu uvist. Folk udtrykker deres bekymring af legitime grunde. For det andet vil der altid være nogle konservative mennesker, der ikke er vant til nye teknologiprodukter og nægter at acceptere dem. Så er der virkningen af handelskonflikter af interesse. Regeringerne og interessegrupperne i nogle lande bruger de genetisk modificerede fødevarers utilstrækkelighed til at bekæmpe handelskrige og gør tingene mere komplicerede.